ジュンが家に戻ると家族は避難した後だった。

「いつか再会できる」というダヒの手紙の言葉を胸に、ジュンはイェジンやオグンたちと医書を手に王のあとを追って旅立つ。

その頃、渡船場では民を押しのけて王一行が船に乗り込み、王や光海君が止めるのも聞かず「船を残しておいては日本軍に追いつかれてしまう」と、重臣が船を焼き払わせる。

渡船場にはジュンの家族たちがいた。

川を渡れず途方に暮れた家族はひとまず空き家で夜を明かすが、イルソの妻は家を出ていった挙げ句、船を都合するという男に金を騙し取られる。

ジュンたちは王が向かうと思われる平壌を目指す途中で日本軍に襲われた村を通りかかり、再び現れた敵兵に追われる中、囮となったサンファが撃たれてしまう。

船上でサンファを待つジュンたちは、川原に現れたサンファがさらに銃撃されるのを目の前にしても、救うこともできず船を出すしかない。

その頃、ヤンテの妻ユウォルは途中で男の子を無事出産。苦労の末になんとか王のいる平壌城に着いて、ジュンを訪ねる家族だが、応対したドジから「ここにはいない。逃げたのでは」と言われ呆然となる。

遂に平壌城に到着したジュン一行。

ジュンが医書のために遅れたと知った王は心証を害する。

ジュンは消息を聞いて、城下を捜してようやく家族と再会。

だが、ギョムから「家族を顧みない」と責められてしまう。

続く日本軍の進撃に、光海君は自分が平壌城を守ると言う。

さらに北に向かう王はドジを連れて出発。残ったジュンは傷病兵の治療にあたる。

義州（ウィジュ）を目指す王たちだが、具合の悪かった信城君がますます悪化し意識を失う。

到着まで大丈夫と言ったドジはその場を取り繕う。

そんなドジに王は「万一のことになったら許さない」と釘を刺す。

その頃、平壌城では戦いに参加するギョムを見て、ダヒは「父への恨みを解くように」と言い聞かせる。

義州では信城君が危篤となり…。

平壌城にはサンファが担ぎ込まれ、弾がかすっただけで命に別条なかったことがわかり、みんなは喜びに沸く。

そんな中、ギョムが撃たれてかすり傷を追う。

そこに信城君逝去の報が届き、ギョムは快く父を送り出す。

義州に着いたジュンは衰弱した王・宣祖を治療。

そして、投獄されたドジを気遣い、自分の代わりにドジに鍼治療を任せたいと言う。

ドジの鍼で快方に向かった王は、ジュンに忠誠心を疑ったことを詫び、ジュンに免じてドジを許す。

ドジはジュンの前でひざまずき、これまでの許しを請い、涙を流すのだった。

間もなく、平壌城が落城するが、脱出した光海君が義州に到着し、状況は好転していると告げる。

家族も龍川にいるとわかり安心したジュンは、王に医書の編纂を申し出る。

1602年となり、医書の編纂に励むジュンは、チョン大監から重病のソン大監を快復させないよう言われてはねつける。

そこに、王が先の戦争中のジュンの功を讃えて正一品を与えると言い出し、重臣たちは大騒ぎになる。

ジュンを潰そうと考えたチョン大監の意を汲んだ仁嬪の兄ゴンリャンは、ジュンとイェジンの仲が怪しいと進言し噂が広がる。

王に呼ばれたイェジンは、ジュンに対する尊敬と自分の片想いを率直に語る。

そして、内医院の医官となったサンファを呼んで、サムジョク寺に戻ることを告げ、医書の編纂をするジュンの補佐を頼んで王宮を後にするのだった。

宮廷では王妃の死から２年経つことから継妃選びが始まり、内医院の医官は候補者とその家族の健康状態の調査にあたる。

自分の親友チャン・ヨンギの娘を王妃にしたいゴンリャンは、ドジを呼んで対立候補のキム・ジェナムの家の病歴をねつ造するよう強要。

同じ頃、ギョムにも縁談がくるが、ギョムはイルソの娘オンニョンとの結婚を希望する。

その後、キム・ジェナムの娘が王妃になり、ゴンリャンから詰め寄られたドジは「自分は一介の医官に過ぎない」と返答する。