医書の研究のために明への渡航を申し出るジュン。

ドジの口添えもあって許されたジュンは明に旅立つ。

宮廷では懐妊した王妃が足の痛みを訴えていた。

王妃の足には浮腫ができていたが、ドジは心配には及ばないと判断する。

だが、浮腫が次第に膿んできて治らないのを見た重臣たちは、訪問中の明の使臣団が抱える医官に診察させようと言い出す。

ドジは王から「もう任せられない」と言われてしまい、王妃は明の医官の診察を受ける。

その頃、長年ギョムに片想いしていたはずのオンニョンは、縁談相手の医者マンドクに心変わりし、イルソ夫婦を失望させていた。

間もなく、明から戻ってきたジュンが王妃を診察。

王妃が想像妊娠だと所見を述べたジュンに、重臣たちは不敬だと騒ぎ立てる。

担当の医女ソヒョンも王妃の懐妊を否定し一件落着する。

そして1606年、王妃は男児を出産。

初の嫡男誕生に王は喜ぶが、光海君は世子としての立場が危うくなる。

騒がしくなる宮廷に、ジュンは「自分たちは医官の仕事に専念するまで」と動じない。

一方、結婚したオンニョンは夫マンドクの暴力や遊びに悩まされ、ギョムは県監へと出世していた。

ある日、ジュンは医書編纂の予算が打ち切りになったと知らされる。

同じ頃、光海君が頭痛を訴えるが、ジュンは王妃の息子・永昌大君を診ることになり、それを知った光海君は寂しく思う。

チョン大監に呼ばれたジュンは「予算はなんとかするから、大君を診ろ」と言われる。

板挟みになったジュンは「御医を辞めたい」とドジたちにこぼす。

光海君が倒れて重篤な状態に陥ったのを見て、チョン大監ら大君派は喜ぶ。

ジュンは光海君派のチェ・ミョンゴルから、わざと治さないのかと疑われるが、光海君はジュンを信じる。

雨水を集めさせ、ヒ素を使った投薬を開始するジュン。

それを知った王は、「使い方次第では毒も薬になる」と主張するジュンに「今すぐ投薬をやめろ」と命じるが…。

ミョンゴルらがジュンが信用できないと言う一方で、ヒ素を使うのは光海君を害するためと考えたチョン大監はジュンを褒める。

それに対して怒りをあらわにしたジュン。

そこでチョン大監は、医女ソヒョンを拉致させ「親の命が大事なら、ヒ素の量を増やせ」と脅す。

だが、ソヒョンは応じず、下吏に実行させる。

その時、光海君の意識が戻る。

新たに薬を飲むことなく、光海君は快方に向かう。

ソヒョンの訴えで両親も無事に解放されるが、黒幕がチョン大監だという証拠はなかった。

その頃、王・宣祖の病気で政務が滞り、宮廷は紛糾。

王の診察をしたジュンは死期が近いと感じる。

今のうちに永昌大君を時期王にと考えるチョン大監は、ジュンの制止を振り切って王のもとに乗り込む。

大君を王にと訴えるチョン大監とゴンリャンに、大君はまだ３歳という王は「次の王は光海君」との教書を渡して倒れる。

ジュンと医女セヒの口を封じればいいと、チョン大監は２人を呼び出して「教書の存在を忘れろ。

そうしなければ命はない」と脅す。

だが、ジュンは屈せず、心配して説得するドジに「道をはずれてまで生きたくない」と言う。

王が遂に臨終の時を迎え、教書の存在が取り沙汰されるようになり、御医女ホンチュンはセヒに「下手に口にするな」と忠告。

遺言がないため、光海君が即位できないと憂慮するソン大監に、ジュンは教書の存在を告げる。

ジュンは王逝去の責任を問われることが決まっていた。

これまでのことを回想するジュンは、みんなに別れを告げ連行されていく。

斬首が叫ばれる中、ソン大監の提案で流罪と決まるジュン。

王・光海君もそれしかないと同意する。

流罪の王命に感謝するジュンは、家族やヤンテたちから涙で見送られ山奥の流刑地に到着。

使用人として働く娘ウノクに「来る必要ない」と言うジュンだが、ウノクは自分が県監から監視のために送られてきたことを話す。

その時、病人が家を訪れて…。