恭嬪が仁嬪から門前払いにあったと聞いて、恭嬪の兄は怒り心頭。

その後、妓房でジュンと一緒の恭嬪の兄は、ドジを連れた仁嬪の兄ゴンリャンと鉢合わせし言い争いになる。

恭嬪を心配するジュンに、母は「時が解決してくれる」と助言する。

その頃、ソクは使い込みが発覚しそうになり、ドジを頼るが相手にされず、渋々ジュンの家を訪ねるが…。

再び恭嬪が倒れ、薬草を求めて地方に行くことにしたジュンは、出立前にチョンスを訪ねてソクのことを善処してほしいと頼む。

留守中、恭嬪を診るチョン奉事はドジに相談するが、ドジは的確な指示を出さない。

間もなく、恭嬪は危篤となり、チョン奉事が鍼を打とうとしているところにジュンが戻ってくる。

そして、治療の指示をドジがしたと知る。

ジュンの治療で安定を取り戻した恭嬪。

同じ頃、仁嬪の命令で恭嬪を呪うため、履物や衣服が巫女のもとに持ち込まれたと知ったホンチュンは巫女を問いただす。

話を聞いた恭嬪は仁嬪を訪ね「今回は不問に付すが、次に同じことがあれば一族を根絶やしにする」と宣言。

一方、ドジの母は都を去ることにし、ジュンにこれまでのことを詫びるのだった。

恭嬪はジュンに王子の支えになってほしいと頼み、最期の時に備える。

ジュンのおかげで追及を免れたと知ったソクは、家を訪ねて和解を申し出、幼い甥のギョムを優しく抱き寄せる。

そこに恭嬪危篤の報せが入り、治療のかいなく息を引き取るのだった。

ジュンは、薬草や風土病の研究をしたいと内医院に休みを願い出、師の墓に参り心を新たにする。

時が流れ1591年となり、医学の研究に励むジュンは恭嬪の第２王子・光海君に呼ばれ、母の命日にも関わらず、仁嬪の息子・信城君を溺愛する父を恨めしく思う胸中を聞かされる。

ジュンの息子・ギョムは、両班でないため望む科の受験はできないと知りつつ勉学に励んでいた。

そんなある日、信城君の腫れ物が治らず、侍医として追及されたドジは…。

ジュンはドジから信城君の治療を任され、ドジの診断に反して、症状が重いと判断。

ジュンは王・宣祖からも期待を寄せられ、皮膚病に関する医書をひも解く。

同じ頃、ジュンの家で下働きをするドルセが、村人たちを相手に秘かに診療行為をしていることを知らされたヤンテやイルソは、ジュンに知られる前にやめさせようと、彼を捕まえにいく。

「腫れ物の治療をしていただけ」と主張するドルセから秘策を聞いたジュンは、田畑でヒルを集めさせる。

そして、信城君の背中の腫れ物をヒルに吸い出させていると、仁嬪がそれを見て真っ青になる。

王もすぐにやめるよう命令するが、ジュンは聞かない。

そして「今、治療しないと手遅れになる。昔の王・中宗も同じ方法で治った」と説得する。

ジュンの治療で信城君が快方に向かい、王はジュンを正三品の堂上官に昇格させ御医に任命するよう命じる。

昇格により両班になることから、重臣たちは反対するが王は突っぱねる。

それを知ったドジは敗北感を味わうのだった。

ジュンの家族は知らせを聞いて感涙にむせぶ。

その頃、光海君は日本の朝鮮侵攻の気配を心配し、王に進言するが…。

宮中は、光海君と信城君どちらが次の王となる世子の座に就くか、２つの勢力に分かれ始めていた。

ジュンは中立を保つよう領議政のソン大監から言われる。

やがて、日本軍侵攻を受け釜山が陥落。それを受けて、世子擁立が急がれる中、幼い信城君に危険が及ぶことを心配する兄ゴンリャンの助言を受けた仁嬪は、王に「世子には光海君を」と推薦する。

戦火は拡大し、王の避難が決まり、内医院の面々も３班に分かれて王族に随行することになる。

ジュンは診療簿や医書を置いてはいけないと言うが、人命のほうが大事と言われてしまう。

間もなく、恵民署から出火したと聞いてかけつけたジュンは、必死で医書を運び出す。

家族はジュンの帰宅を待っていた。

しかし、戻らない父にギョムは失望する。