ナムのパソコンはハン刑事の手元に渡るが、そのハンが交通事故死。

飲酒運転による事故と処理されるが、ウヒョンはナム事件の証拠隠滅を狙った犯人による他殺とにらむ。

ハンが残した手帳をもとに捜査を進めるなか、ウヒョンはセガングループの裏献金ファイルの存在にたどり着く。

一方、クォンもハンの事故を怪しみ、独自に捜査する。

ハンが持っていたナムのパソコンの出どころがウヒョンの実家と知ったクォンは、ウヒョンを疑い・・・。

自分を一連の事件の犯人と疑うクォンに、本物のウヒョンは殺され、自分はギヨンであることを明かすウヒョン。

そして、真犯人を捕まえるまでウヒョンのままでいることをクォンに認めさせる。

そんな中、ハンの遺留品のUSBに残されたデータから事故車がハッキングされていたことが判明、ハンの他殺が濃厚に。

さらに調べていくうち、ウヒョンはヒョンミンの手下のヨムが、ハンを殺した人物と知る。

ヨムはウヒョンの命を狙った男で・・・。

拘束されていたヨムが取調室で突然の発作を起こし死亡。

同時に、ナム事件の重要証拠が入っていたUSBが警察署内のウヒョンの部屋から盗まれ、ウヒョンはサイバー捜査隊メンバー、テギュン、サンウ、へラム、カン博士、4人のうち誰かがスパイだと確信する。

だが、ヨムの取調べ中の行動を怪しまれたウヒョンは停職処分に。

ウヒョンはガンミとともに、ヨムが亡くなった当時の行動について取調べを受ける4人の情報をハッキングし・・・。

ヨム事件を調べていくうち、ウヒョンはカン博士が犯人でスパイだと気づく。

だが、正体がばれたことを察したカンは署内から一足早く姿を消してしまう。

カンの逃亡の手助けをした内通者が警察内部にさらにいることを知るウヒョン。

そして、カンが逃亡前に消去したデータから、シンの殺害動画には元データが存在していたことが判明する。

一方、クォンはヨムが他殺で犯人はカンだと警察上部に主張し、再捜査とウヒョンの復職を願い出る。

検察庁を盗聴した疑いが掛けられるウヒョン。

だが、見つかった盗聴器はクォンが持ち出していたもので、自分が使用したものと認めたクォンは拘束される。

サンウから盗聴器はヨムを盗聴するために使ったと聞いたウヒョンは、その盗聴内容からヨムが盗聴器に気づいていたことを知り、ヨムの周辺を調べることに。

盗聴事件の捜査が終わるまで停職となったサイバー捜査隊のメンバーを集め、独自の捜査を進めるうち、ある証拠映像を掴む。

ウヒョンらサイバー捜査隊のメンバーは、ヒョンミンの指示によりセガングループ裏献金事件の関係者をハッキングしていたIPを突き止め、その住所に向かう。

現場にいた男2人を拘束するが、証拠は削除されていた。調べにより、ヒョンミンがコンピュータワクチンプログラムを使い、ハッキングしていたことが判明。

そんな中、裏献金事件の関係者の1人、カンが自殺。

同じく関係者のイム検事も謎の男に刺される事件が発生する。

※IP（インターネットプロトコル）ネットワーク上で個々の通信対象を識別する番号。

ワクチンプログラムをウヒョンに奪われたヒョンミンはウヒョンのもとを訪れ、誰にも信頼されなくしてやると言い去る。

その直後、ウヒョンは殺人容疑で追われる身に。

ヨム事件の際に回収したUSBの中に、ウヒョンの姿が映されたナム殺害現場の映像が見つかったのだ。

さらにウヒョンの父ソクチュンが危篤。病室に潜り込んだウヒョンは、ソクチュンから死んだウヒョンがセガン裏献金事件について明らかにしようとしていたことを聞く。

ウヒョンからセガン裏献金事件の証拠を受け取ったチョン局長が何者かに刺殺される。

ヒョンミンの差金と察したウヒョンは、ヒョンミンを刺激するため公共機関を含めた大規模なサイバーテロを仕掛け、セーフテック社によるハッキング行為を訴える。

さらに、セーフテック社のワクチンプログラムを解析した報告書に細工し、これをハッキングしてきたヒョンミンの手下のハッキング集団を追跡。

ついにウヒョンは重要証拠を手に入れるが・・・。

ナム殺害事件の結審の日、証人として法廷に現れたウヒョン。

その日、殺害現場にいたことを明かし、真犯人はヒョンミンだと証言したことで、公判は続行されることに。

そしてウヒョンは殺人幇助の罪で逮捕される。

その裏では、ウヒョンの正体を知ったサンウ、テギョンを含めたサイバー捜査チームのメンバーが事件の証拠探しに奔走していた。

公判の日、生前ウヒョンがヒョンミンに故意に近づき、潜入捜査を行った報告書が提出される。

公判でヒョンミンがナム殺害現場にいた証拠映像が提出され、ヒョンミンは殺害容疑で緊急逮捕される。

ウヒョンは殺人幇助の疑いが晴れ、捜査に復帰。

だが、必死の捜査にもかかわらず、確かな殺害証拠が見つからず、ヒョンミンの拘束令状は取り消され、釈放されてしまう。

さらに、公判でも証拠不十分で無罪の判決を下されるヒョンミン。

憤慨したウヒョンは、自分のやり方でヒョンミンを倒すため、一大ハッキングを行う・・・！