科学捜査研究院に侵入したナナは、建物から出ようとするユンソンと、彼を捜す検事ヨンジュの姿を発見する。

とっさにユンソンを部屋に引き入れ、助けたナナ。２人は無事に脱出するが、ユンソンはナナに自分と縁を切るよう警告する。

入院中のギョンヒの元へ、検事ヨンジュがやってきた。ユンソンとの関係を知られるのを恐れたジンピョは、ギョンヒを別の病院に移そうとするがギョンヒは、黙って姿を消してしまった。

シクジュン（本名ペ・マンドク）は、10年前にキム・ジョンシクが起こした交通事故で偽証した旨を陳述書にまとめ、被害者の娘であるナナの元に送る。

ナナから陳述書を受け取ったヨンジュは、本来の加害者である父に自首と謝罪を求めるが、ジョンシクは時効を理由にそれを拒んだ。

事件の発覚を防ぐため、ジョンシクはナナとシクジュンを拉致し、自宅に監禁する。

助けに来たユンソンは、ジョンシクの部屋の奥に、ミョンムン大学の積立金のうち２千億ウォンが隠されているのを発見する。

ナナとシクジュンは脱走に成功するが、ユンソンは麻酔銃を撃たれ捕まってしまう。

ジョンシクの手下がユンソンに銃を向けた瞬間、助けに飛び出したナナの肩に銃弾が命中する。

ユンソンをかばって銃傷を負ったナナは、獣医セヒの手で一命を取りとめ、キム・ジョンシクの制裁に協力する。

母に捨てられたと聞かされて育ったユンソクは、実際には養父ジンピョが生後間もない自分をさらったことを知り激怒する。

シクジュンや母、ナナの安全と引き換えに自分を操ろうとするジンピョに対し、ユンソクは宣戦布告するのだった。

ミョンムン大学の積立金２千億ウォンを、理事長のキム・ジョンシクが自宅に隠し持っていることに息子の検事ヨンジュが気づく。

自首を勧めるも拒まれ、ヨンジュはそのまま立ち去ってしまう。

その２千億ウォンを奪ったユンソン。追ってきたジンピョも首尾よく巻いて、ミョンムン大学の学生たちに札束を郵送し、学費半減を実現する。

だが、怒ったジンピョがナナを襲撃しに・・・。

被疑者キム・ジョンシクの息子という理由で、検事ヨンジュはシティーハンター関連の捜査から外される。

それでも１人で調べを続けたヨンジュは、イ・ギョンヒがユンソンの母親という見方を強めた。

ユンソンの片腕シクジュンは、病院を抜け出したギョンヒが、ポタ寺に身を寄せていることを突き止める。

だが、それを報告する前に、シクジュンはユンソンの目の前で車にひかれ意識不明の重体になってしまう。

加害者の車のナンバーは、キム・ジョンシクのものだった。

怒ったユンソンは、我を忘れてジョンシクへの報復を始める。

今年の検事賞"式典で、受賞者のヨンジュがスピーチを始めるや、隠し撮りした親子の会話の映像を会場で流した。

それは、10年前にジョンシクが飲酒運転でナナの両親を事故に遭わせた際、目撃者を買収して被害者になりすましたことについての会話だった。

黙って会場を出たジョンシク。だが、急いで乗り込んだ彼の車にはユンソンが待ち構えていた。

隙を見て車から飛び出したジョンシクは歩道橋に逃げたが、ユンソンから奪った不正の証拠資料が風に舞ってしまう。

それを取ろうとして歩道橋から落下しかけたジョンシク。

彼を見捨てて帰りかけたユンソンが、思い直して助けに向かった瞬間、橋にぶら下がっていたジョンシクは力尽きて落ちてしまう。その様子を、追ってきたヨンジュも目撃していた。

歩道橋から落下したキム・ジョンシクは、昏睡状態に陥った。息子である検事ヨンジュは、父を追い詰めたユンソンへの恨みを募らせる。

ユンソンは、ポタ寺で再会した母ギョンヒをソウルに連れ戻り、安全を期して偽名で入院させた。

ジンピョは次のターゲットである、ヘウォングループ会長のチョン・ジェマンに在米韓国人の投資家ジョン・リーとして接近することに成功する。

検事ヨンジュは、1983年10月の事件が北朝鮮の南浦港沖で起きたこと、ジョン・リーが青瓦台警護官出身のイ・ジンピョであることを突き止める。

５人会メンバーのチョン・ジェマンは、83年の抹殺計画を隠ぺいするため、国家情報院の文書担当者にわいろを渡し、事件の記録が残る極秘文書を入手して焼却処分する。

さらに、事件を嗅ぎつけた検事ヨンジュを自殺に見せかけて殺害しようとする。

それを知ったユンソンは、間一髪でヨンジュを救出する。

チョン・ジェマンが国家情報院の文書担当者から秘密で買い取った極秘文書はコピーされたものだった。

同じ担当者が、裏で原本をジンピョに売っていたのだ。

一方、白血病のギョンヒは、無事に息子ユンソンから骨髄を移植してもらうことができた。

チョン・ジェマン会長が経営するヘウォン・ケミカルでは、工場の従業員らが白血病になるなどしたため労災認定を求める運動が広がっていた。

ジェマンは、労災対策委員長らに圧力をかけ、金を握らせて運動をやめさせようとする。

ユンソンはヘウォン・ケミカルの工場に忍び込み、労災認定に必要な使用薬品のサンプルを盗み出した。

だが逃げる際に毒ガスを吸わされ、ふらふらになってしまう。

検事ヨンジュは、ユンソンの米国名であるジョン・リーが、ユンソンとは別人であることを突き止めた。

また、タイの麻薬密輸団の証言から、ユンソンはプチャイの名でトライアングルで育ち、養父ジンピョはタイの麻薬王であることを知る。

イ・ジンピョがタイの麻薬王と知った検事ヨンジュは、証拠を取り寄せようとするが、タイ警察はジンピョに抱き込まれておりうまくいかない。

チョン・ジェマン会長はヘウォン・ケミカルの労災対策委員長らに、労災認定を放棄する覚書へ無理やりサインさせるも、その覚書をユンソンに奪われてしまう。

抹殺計画の真相が記録された極秘文書がジンピョの家にあると知ったユンソンは、家に忍び込み金庫を開けようとする。

だが、時を同じくして検事ヨンジュも極秘文書を押収しにやってきた。ジンピョはその直後に帰宅し・・・。

もしも極秘文書が見つかれば、２人とも現行犯逮捕されてしまう。
だが、金庫の中身は空だった。

一足先に、ジェマンの手下が盗み出していたのだった。

ジンピョは、チョン・ジェマン会長のヘウォングループに３千億ウォンを投資することで、ヘウォン建設の社長に就任する。

チョン会長はジンピョが敵と知りつつも、残り２千億ウォンの投資を引き出すため付き合いを続ける。

大統領府で開かれた経済人昼食会に、ジェマンと共に参加したジンピョは、仕掛けを使って大統領に絵の具弾を発射した。

それは、警護するナナと大統領への威嚇だった。

ユンソンの母、ギョンヒの過去が明らかになる。
料亭で働いていたギョンヒは、若き日の大統領チェ・ウンチャンと恋仲になり妊娠する。だが、ウンチャンはすでに既婚者で妊娠の事実も知らなかった。

チョン・ジェマンはウンチャンの将来を心配し、ギョンヒに金を渡して堕胎と別れを迫る。

絶望したギョンヒは自ら命を絶とうとするが、パク・ムヨルに救われて結婚したのだった。

ムヨルは、自分の子でなくても、お腹の子を立派に育てると約束していた。

ある日、チョン会長に銀行から電話があり、今日中に30億ウォンを返済しないと不渡りになると警告された。

ヘウォングループの倒産を狙った、ジンピョの仕業だ。ようやくジンピョの狙いが分かったチョン会長。

怒った彼は、大勢の刺客をジンピョの自宅に送り込む。

養父ジンピョの危機に気づいたユンソンは、援護に駆けつけ・・・。

ヘウォングループ会長チョン・ジェマンの手下から、養父ジンピョを助けたユンソン。

ユンソンがシティーハンターだと知った手下は、ナナを拉致してユンソンを呼び出し、殺そうとする。

だが逆に、ユンソンが手下を制して人質にした。

ヘウォン建設は不渡りを回避することができず、グループ全体が連鎖倒産の危機に陥る。

裏では、ヘウォンを救済しないよう、ジンピョが政財界に根回しをしていた。

倒産により従業員が失業するのを防ぐため、ユンソンは百ウォンでヘウォンケミカルを買い取る。

そして従業員株主制を導入し、労働災害も認めたのだった。

ユンソンは、逮捕を逃れるためロサンゼルスに飛ぼうとしていたジェマンを、空港で捕らえて検察庁に届ける。

だがその後、検察庁から追ってきた検事ヨンジュに素顔を見られてしまい・・・。

検事ヨンジュは、シティーハンターのマスクを外しユンソンの顔を確認するが、逮捕せずに逃がす。

法の力で悪を裁けなかったヨンジュは、ユンソンがそれを成し遂げ社会に貢献したことを認めたのだった。

ユンソンの手で検察庁に届けられたチョン・ジェマンは、逃走に成功する。

そして大統領から国外脱出への協力を取りつけるため、ギョンヒが隠し子を産んだ事実を告げて脅迫した。

ジェマンはジンピョを陥れるため、潜伏先の廃車場まで機密文書を取りに来いとメールを送る。

だがジンピョは、検事ヨンジュにそのメールを転送した。

機密文書を取りに行ったヨンジュは、ジェマンの手下らにめった打ちにされる。

だがユンソンが来たことを知るや、血まみれになりながらも、機密文書のありかをメールで教え、体を張って時間を稼ぐのだった。

検察庁から逃走したチョン・ジェマンは海外への密航を企てたが、港でジンピョに殺害される。

ユンソンは、ジェマンから奪った機密文書を見て、５人目のターゲットが実の父親であるチェ・ウンチャン大統領と知り愕然とする。
養父ジンピョは28年前、「実の息子による殺害」という残酷な復讐をさせるため、赤ん坊だったユンソンを誘拐し、育てたのだった。

ユンソンは、信頼していたチェ大統領が、選挙資金を不正に入手したり、法改正のため国会議員と裏で取引していることを知り、社会的抹殺を決意する。

ところがユンソンの正体を知った大統領は、不正取引の記録を自ら息子ユンソンに託すのだった。

ユンソンの暴露により、大統領の罷免は確実になったが、ジンピョは彼を殺さなければ気が済まない。

だが殺害に向かった大統領の別荘で、待っていたのはユンソンだった。
互いに銃口を向け合うジンピョとユンソン。

自分の運命を悲観したユンソンは、突如、自らのこめかみに銃口を当てるのだった。